Принципы метода секвенирования РНК одиночных клеток и его применение в молекулярной биологии

Преподаватели:
Д.Н. Пеньков, к.ф.-м.н., ведущий научный сотрудник Национального Медицинского Исследовательского Центра Кардиологии Минздрава РФ
М.С. Арбатский, аспирант Кафедры биохимии и молекулярной медицины, ФФМ МГУ имениМ.В. Ломоносова

Место проведения:
Факультет фундаментальной медицины МГУ имени М.В. Ломоносова, Ломоносовский корпус

Количество человек в группе: 8 человек

Описание мастер-класса:
Стандартные методы анализа экспрессии генов с использованием микрочипов и RNA-seq основаны на анализе всей РНК (TotalRNA) выделенной из образца, из-за чего теряется важная информация о различии отдельных клеток, формирующих гетерогенные популяции.

Использование баркодов (индивидуальных меток для каждой отдельной клетки) при секвенированииРНК одиночных клеток (scRA-seq) дает информацию об экспрессии генов в отдельных клетках, позволяет сравнить их паттерн экспрессии генов между собой и со всеми клетками образца. Этот метод предоставляет важную информацию о гетерогенности клеток, а также позволяет обнаружить редкие типы клеток в клеточной популяции. Весомым недостатком технологии является высокий уровень «шума», что связано с необходимостью амплификации исходно крайне небольшого количества биологического материала.

Слушатели мастер-класса узнают о теоретических основах метода, подходах к решению проблем, возникающих при обработке массивов данных scRNA-seq.

На примере технологии 10X Genomics в практической части будут продемонстрированы способы подготовки образцов, перечислены критические требования для успешного проведения данного исследования, подробно рассмотрен анализ полученных результатов. Все изложение будет сопровождаться примерами из недавних работ.